山南地區位于雅魯藏布江中游谷地，具有長冬無夏，冬無嚴寒，春秋無酷暑的天氣特點。年均溫度為5~8℃最冷月，份的平均氣溫2~12℃，最暖月份的平均氣溫為10~18℃，但是夏季高溫時間很短，是整個西藏高原上較為溫暖的地區之一。
山南地區屬溫帶干旱性氣候，南部邊境地帶屬高原亞寒帶半干旱氣候。全地區全年日照時間為2600-3300小時，年平均氣溫最低為6℃，最高8.8℃；最高氣溫31℃（加查），最低氣溫零下37℃（錯那）。年均風速在3米/秒左右，最大風速為17米/秒，風期主要集中在12月至次年3月。
雅魯藏布江中游谷地的溫度升高早并且較快，而降溫卻與之相反，降水量年均約600毫米。降水雖然主要集中在每年的6~9月，但卻占到了全年降雨量的90%以上。高原多夜雨，這是整個高原天氣的顯著特點。尤其是在山南地區，每年6~9月的雨季里，下夜雨的幾率居然超過了70%。
由于近年來全球氣溫變暖的趨勢已經開始影響了西藏高原，在本區內最顯著的表現就是雅魯藏布江河谷的荒漠化現象愈發嚴重，每年春秋兩季，本地區扎囊、乃東、桑日的雅江河谷一帶都會狂風大作、沙塵肆虐。
西藏山南一年四季都是適合旅游的，去山南地區旅游可以根據以下季節準備衣物：
春（4-6月）：毛衣、外衣、棉毛衫、褲，可備一條毛褲。
夏（7-8月）：薄外衣、襯衫1-2件、夏衣。
秋（9-11月）：毛衣1-2件、棉毛衫、褲1-2套、厚外套1件。
冬（12-3月）：毛衣2-3件、棉毛衫、褲1-2套、厚棉衣或羽絨服1件、毛褲或棉褲1條、手套、圍巾、棉鞋。
溫馨提示：山南地區海拔在3000米以上，除了帶必要的御寒衣物外，要適當準備一些常用藥品如感冒類、腸胃類藥品。
